Conoció a Roberto Gómez Bolaños («Chespirito») cuando era ejecutivo de Televisión Independiente de México. Allí entablaron una amistad que derivó en programas como Los Supergenios de la Mesa Cuadrada y Chespirotadas entre 1968 y 1971.
No hay dudas que su papel más conocido fue el de El Profesor Jirafales, teniendo un idilio con Doña Florinda (Florinda Meza) y educando a los niños de la vecindad. Sin embargo se destacó con personajes como el gánster Rufino Rufian o Lucas Tañeda, el fiel compañero lunático de Chaparrón Bonaparte en Los Chifladitos o el policía Sargento Refugio en Los Caquitos.
Fuera de la órbita de Chespirito, a fines de los años 90 interpretó encarnó a Don Albertano Dueñas en la famosa telenovela Soñadoras. También recorrió Latinoamérica con su espectáculo circense hasta que en 2013 anunció su retiro de los escenarios.
Los primeros días de junio, Consuelo, la esposa de Rubén Aguirre, había dicho en un programa televisivo que su marido se encontraba grave: «De un día a otro se le fueron las fuerzas y ahora está sin moverse, no puede ni darse la vuelta en la cama y habla poco, la diabetes lo tiene así». Finalmente, una semana después, el actor falleció.
«Mi profesor favorito descansa en paz… Hoy mi gran amigo Rubén Aguirre parte de este plano. Te extrañaré mucho», escribió en su cuenta de Twitter Edgar Vivar, compañero de elenco en el programa humorístico donde interpretaba al «Señor Barriga».
